22 Eylül 2018 | Cumartesi
 
1) - Renal parankimal tümörlere genomik yaklaşımlar
Süresi: 0 Ay » Başlangıç Tarihi: 2012
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Naci Çine
Özbilgi:
2) - Tianeptin ve Olanzapin öngörülemeyen kronik hafif stres uygulanan farelerde öğrenme ve bellek üzerine etkileri
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2012
Destekleyen Kurum: » Sorumlusu: Doç. Dr. Hakan Savlı
Özbilgi:
3) - BAC tabanlı array, CGH teknolojisinin ve kromozom analizinin prenatal tanıda kullanım etkinliğinin araştırılması
Süresi: 24 Ay » Başlangıç Tarihi: 2012
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Doç. Dr. Hakan Savlı
Özbilgi:
4) 2012-78 - Hematopoetik Tümörler ve Yumuşak Doku Tümörlerinde Nf-KB Gen Anlatımına ait Anlatım Değişikliklerinin İncelenmesi
Süresi: 24 Ay » Başlangıç Tarihi: 2012
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Doç. Dr. Hakan Savlı
Özbilgi:
5) 2012-061 - Türk toplumunda prostat tümörlerine genomik yaklaşımlar: Bir array CGH ve gen anlatımları çalışması.
Süresi: 0 Ay » Başlangıç Tarihi: 2012
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Prof. Dr. Nazım Mutlu
Özbilgi:
6) - Gastrointestinal sistem hastalıklarında CYP2C19, FMF ve Trombotik mutasyon analizi
Süresi: 16 Ay » Başlangıç Tarihi: 2007
Destekleyen Kurum: Diğer » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Hakan SAVLI
Özbilgi:
7) 2008/015 - Kafa travmasina maruz kalmis sicanlarda beyin ve periferik kan orneklerinde zamana karsi gen anlatiminin mikroarray yontemiyle analizi
Süresi: 10 Ay » Başlangıç Tarihi: 2008
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Tuncay ÇOLAK
Özbilgi: Trafik kazalarına ve sert bir cisimle darbelere bağlı kafa travması hem batı ülkelerinde hem de ülkemizde ölümlerin en önemli nedenlerinden birini oluşturmaktadır. Genel travmaya bağlı ölümlerin %50’si kafa travmasına bağlıdır. Kafa travmaları, erişkin yaş grubunda en sık dördüncü (%37) ölüm, 40 yaş altı insanlarda birinci sakatlık nedenini oluşturmaktadır. İtalya’da hastaneye başvuran her 100 bin kişiden 300’ünde ağır kafa travması görülmekte, yine her 100 bin kişiden 10’u bu nedenle hayatını kaybetmektedir (1,2,8). Kafa travmaları öldürücü, sakat bırakıcı, uzun süre tedavi ve bakım gerektiren bir patoloji olup, ölüm nedenleri arasında ön sıralarda yer almaktadır. Her gün biraz daha hızlanan sosyal ve teknolojik yaşam koşullarında kafa travmalarının insidansı ve buna bağlı mortalite ve morbidite riski giderek artmaktadır (1,2). Travma sonucu santral sinir sisteminde (SSS) ilk olarak primer beyin hasarı meydana gelmektedir. Primer beyin hasarı skalp yaralanması, kafatası kırığı, kontüzyon, beyin laserasyonu, diffüz aksonal hasar ve intrakranial kanama (epidural, subdural, intraserebral) gibi olayları içermektedir. Ancak kafa travması sonucu oluşan hasardan sadece primer harabiyet sorumlu degildir. Primer beyin hasarını takiben ortaya çıkan bir çok karmaşık fizyopatolojik olaylara bağlı olarak sekonder beyin hasarı oluşmaktadır (1,3,4). Kafa travması sonucu beyinde gen anlatımı hakkında çalışmalar mevcuttur (15,16). Bu nedenle hem travma oluşumunun ortaya çıkarılması hem de travmanın oluşum zamanını belirlemek amacıyla çalışmamızda 10 adet rat üzerinde yapmayı planlamaktayız. Detab’tan alınacak ratlara daha önce güvenilirliği ispatlanmış bir düzenekte kafa travması oluşturulacak ve 1.satte, 12.saatte, 24.saatte, 48.saatte ve 72.saatte kan ve beyin örnekleri alınacak ve mikroarray yöntemiyle gen anlatım analizi yapılacaktır. Düşme, çarpma, vurma ve trafik kazalarında oluşan travmalarda özellikle merkezi sinir sisteminde çeşitli cevaplar meydana gelmektedir. Bu cevaplardan bazıları apoliprotein E( APO E) yer aldığı genlerdir. Ayrıca kafa travması geçirmiş kişilerde E4 ve E3 alleline sahip kişilerde çeşitli çalışmalar yapılmıştır. E4 alleline sahip kişilerin travma ve yaralanmadan sonra yapılan testlerde hastalığın normal hastalara göre daha kötü seyrettiği görülürken, ileride Alzheimer hastalığına yakalanma riskinin birkaç kat artmış olduğu bildirilmiştir(17). Microarray yöntemiyle 35000 gen taranabilmektedir. Biz de travmada ve travma zamanında başka hangi genlerin rol aldığını araştıracağız. Moleküler biyolojideki geleneksel metotlarda genellikle “bir deneyde bir gen” ilkesi geçerlidir. Bu demektir ki gen fonksiyonlarının “bütün resmini” görmek geleneksel yöntemlerle zordur. Gen çip teknolojisinin büyük bir ilgi ile karşılanmasının sebebi , bütün genomun basit bir çip üzerinde görüntülenmesini vaat etmesi ve bu sayede bilim adamlarının aynı anda binlerce genin birbirleriyle olan etkileşimlerini görmesine olanak tanımasıdır. Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi , iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece ,biyoteknolojinin kavramsal olarak ulaşabileceği son noktalardan biri olan gen çip (mikroarray) ortaya çıkmıştır. Bir tarama yöntemi olarak önerilecek en değerli teknoloji, son yılların en gözde teknolojisi olan gen-çip (mikroarray ya da dizilim olarak da adlandırılır) teknolojisidir. Bu teknolojiyle bir hastanın bünyesine bulunan tüm genleri (insanda toplam gen sayısı otuzbindir) birkaç saat içinde taramak mümkündür Mikroarrayler cam, plastik veya silikon çip gibi katı bir yüzeye tutturularak sıralı bir şekilde (array) oluşturulmuş mikroskobik DNA spotlarıdır. Bir microarray’de bu spotlardan onbinlerce bulunabilir. Yüzeye tutturulan bu DNA parçaları (genellikle 20-100 nükleotid uzunluğunda ) prob olarak tanımlanmıştır. Bu yeni teknikte membran yerine camın kullanılması , radyoaktivitenin yerini fluoresan işaretlerin alması ve bağlanmayı sağlayacak yöntemlerin hassaslaşmasıyla çalışmaların verimi ve elde edilen bilgilerin miktarı artmıştır. Yeni yaklaşımlarda, dokusal yapının moleküler teşhisi ve bu amaçla uygulanan gen ekspresyon analizleri, meme kanseri tanısında artan bir önem değeri kazanmaktadır. Meme kanseri oluşumu ve tedavisinde yer alan farklı genetik profil sonuçları, dikkat çekmektedir. Bu teknoloji hastada o anda oluşan tüm gen anlatımının tam bir görüntüsünü elde etmeyi mümkün kılar.Belli bir hücre türünün belirli bir ortam için gen ifadesi profili belirlenip , bu profil farklı hücre tipleri ve farklı çevre koşullarındaki gen ifadesi profilleriyle bu yöntemle karşılaştırılabilir. Kısa sürede ve oldukça pratik olarak onbinlerce genin analizini yapmak mümkündür. Otomasyona dayalı bir sistem olduğu için insan kaynaklı hataların ortaya çıkma ihtimali düşüktür. Çalışmamızda 10 kafa travması oluşturulmuş ratlarda tam genom analizi gerçekleştirilecektir. Sözkonusu çalışma bir rat RNA örneği çalışmasıdır. Operasyonla alınan örnekler soğuk zincirde korunarak iletilecek ve çalışma bu yumuşak dokularda gerçekleştirilecektir. Çalışmalarımız sonucunda yeni tanı ve tedavi belirteçlerine ulaşılması olasıdır. Bu olasılık nedeniyle tam genom analizlerinin güncel bilim açısından eşsiz bir önemi bulunmaktadır.
8) - Meme kanseri hucre hatlarinda curcumin etkisine bagli gen anlatiminin (Mikroarray) dizilim yontemi ile analizi
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2008
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Hakan SAVLI
Özbilgi: Meme kanseri uzak doğuda ve ülkemizde en yaygın habis tümörler arasında yer alır. Doku teşhisi ve gen ekspresyon analizleri, meme kanseri tanısında önemlidir. Meme kanseri oluşumu ve tedavisinde yer alan farklı genetik profil sonuçları, önem teşkil etmektedir. Bilindiği üzere, “Curcumin” turmerikte bulunan,Tayland da dahil olmak üzere birçok ülkede baharat olarak kullanılan yaygın bir diyet bileşenidir. Antioksidan, antienflamatuar ve antikanser gibi tıbbi özelliklere sahiptir. “Curcumin”, uzun yıllardan beri antioksidatif, antienflamatuar ve antikanser etkilerinden dolayı terapötik ve önleyici bir ajan olarak anılmaktadır. Bunun yanında, Curcumin’in çeşitli gen ekspresyonları üzerine olan etkisi belirsiz kalmıştır ve tartışmalıdır. Agilent microarrey çipleri ile eş zamanlı olarak, Curcumin’in çeşitli gen ekspresyonları üzerine etkisini saptayabiliriz. Bu çalışmada meme kanseri hücre hatlarında Curcumin’e bağlı gen anlatımında oluşan değişiklikler analiz edilecektir. Proje kapsamında Chiang Mai Üniversitesi’nde kültüre edilecek olan örnekler, Kocaeli Üniversitesi’nde gen anlatım analizine alınacaktır. Sözkonusu çalışma bir hücre kültürü çalışması olup canlı- cansız insan denek ya da hayvan denek kullanılmayacaktır.
9) - Akut Koroner sendrom tanısı veya miyokardiyal iskemi şüphesi ile koroner anjiyografi tetkiki istenen, Anjiyografik olarak koroner arter hastalığı saptanan ve saptanmayan kişilerde tromboza yol açabilecek genetik faktörlerin araştırılması
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2007
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu:
Özbilgi:
10) - Mikroarray teknolojisi ile endotel gen anlatımının analizi
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2007
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK » Sorumlusu:
Özbilgi:
11) - Microarray and proteomic analysis of prostate cancer samples
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2007
Destekleyen Kurum: Diğer » Sorumlusu:
Özbilgi:
12) 107S131 - Iyonizasyonlu radyasyona maruz kalmis losemilerin sitomorfolojik,immunokimyasal ve molekuler biyolojik ozellikleri
Süresi: 36 Ay » Başlangıç Tarihi: 2007
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Hakan SAVLI
Özbilgi: WHO (Dünya Sağlık Örgütü) verilerine göre, Ukrayna ve Türkiye’de hematopoetik ve lenfoid doku tümörlerinin oluşumundaki artış oranı her 100.000 yetişkin popülasyonda 17.5 - 18.4 ve her 100.000 çocuk popülasyonunda 5.3-5.6’dır. Bu oran Ukrayna ve Beyaz Rusya’da Çernobil vakasından 20 - 25 yıl sonra, hasta sayısındaki artışla ilişkili bulunmaktadır. 1986 - 1987 yıllarında risk altında olan kontaminasyona maruz kalmış temizlik işçileri ve radyasyon etkisindeki alanda yaşayanlarda bu insidans verileri artmaktadır. Ayrıca verilere göre, birçok Avrupa ülkesinde de Çernobil vakasından dolayı lösemi artışı gözlenmiştir. Birçok veride, iyonlaşmalı radyasyona maruz kalma sonucu, löseminin oluşum derecesindeki artış ilk yıl infantlarda, sonraları ise rahimde etkilenme ile erişkinlerde izlenmektedir. Lösemi ve malignant lenfomanın farklı biyolojik formları oluşumunun, kişinin uzun dönem iyonlaşmalı radyasyona maruz kalınmasına bağlı olduğu sanılmaktadır. Çeşitli lösemi formlarının oluşumunun hangi genetik anlatım patentlerine sahip olduğu bu araştırmanın konusudur. İyonize popülasyona maruz kalmış popülasyonlarda yapılacak lösemik analizler, kanser insidansı açısından Türkiye’nin en yüksek verilerine sahip Kocaeli popülasyonu için de yol gösterici olacaktır. Özellikle Dilovası kasabasındaki çevre kirliliği nedeniyle Kocaeli’nde izlenen yüksek orandaki lösemi olgularına konvansiyonel yöntemlerle yaklaşım konusundaki Kiev ile elde edilen deneyimin büyük yararı olacaktır. Bu çalışma kapsamında Kavetsky Enstitüsü’nce tanıları konulmuş ayrı lösemik alt grublara ait kan örneklerinden RNA izole edilecek ve bunlar tüm insan genomunu içeren dizilim (array) chipleri ile melezleştirilerek yaklaşık 30 000 gene ait anlatım patternleri çıkarılacaktır. Böylece iyonize radyasyonlu lösemilerde yeni tanısal-genetik belirteçler ortaya konulabilecektir.
13) - Papiller tiroid kanserinde genomik analizler.
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2009
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK » Sorumlusu: Doç. Dr. İlhan TARKUN
Özbilgi: Papiller karsinom tiroidin en sık görülen kanseridir. Papiller kanser tüm tiroid kanserlerinin % 75-80’ni oluşturur. Özellikle çocukluk veya gençlik döneminde timus veya servikal lenf düğümleri üzerine radyoterapi uygulanmış olan kişilerde ileri dönemde papiller kanser gelişme riski yüksektir. Radyasyon sonrası gelişen karsinomların %90’ı papiller tiptedir. Bu tümörler erkeklere oranla kadınlarda 3 kat daha fazla görülmektedir. İnce iğne aspirasyon sitolojisi tanıda yaygın olarak kullanılmasına rağmen önemli kısıtlamaları vardır. Papiller tiroid kanseri ve onun varyantlarına spesifik belirteçlerin bulunması, ince iğne aspirasyon sitolojisinden çıkan sonuçları doğrulamayı kolaylaştıracaktır. Gen ekspresyon mikroarray teknolojisi, tiroid ile ilgili malignansilerde kullanılacak belirteçleri ortaya çıkarmada kullanılmaktadır. Böyle bir belirteç ya da belirteç panelinin keşfi, solid tiroid nodüllerinin tedavisine de bir öneri getirebilecektir. Bu projede, papiller tiroid kanserinin ortaya çıkma mekanizmalarında genetik faktörlerin rolünün belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu projenin amacı, papiller tiroid kanserli hastalarda tüm genetik ekspresyon patternlerinin görüntülenmesidir. Önerdiğimiz bu yeni proje başvurumuzda, mikroarray yöntemi kullanılacak, tiroid dokularından elde edilen RNA’lar tüm insan genomunu içeren dizilim (array) çipleri ile melezleştirilerek insandaki tam genom yani yaklaşık otuzbin genin anlatımı taranacaktır. Elde edilen veriler standart altyollar ve gen ağları analizleri biçiminde dökümlenecektir. Genetik laboratuvarımızda son yıllarda mikroarray teknolojisiyle birçok proje gerçekleştirilmiş olup ekibimiz bu alanda güçlü bir bilgi birikimine ulaşmıştır. Ayrıca laboratuvarımız mikroarray bilgisiyle gen ağı ve standart altyol analizleri yapan, ülkemizdeki ilk merkezdir. Tam genom analizi üzerinde gerçekleştirilecek bu projenin papiller tiroid kanseri patogenezinin aydınlatılmasında önemli katkısı olabilir. Bu şekilde, papiller tiroid kanseri açısından yeni tanısal-genetik, patognomonik ve prognostik belirteçler elde edilebilir.
14) 2009/25 - Tekrarlayan gebelik kayıplarında trombofiliye yatkınlık saptanan hastalarda aspirin, folik asid, tinzaparin randomizasyonu ve tüm genom analizleri : Bir Mikroarray ve CGH-array Çalışması.
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2009
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Yrd. Doç. Dr. Naci ÇİNE
Özbilgi: Erken gebelik kaybı tanımı, 20. gebelik haftasından önce ya da 500 gram fetal ağırlığa ulaşılmadan önceki gebelik kayıplarını kapsamaktadır. Tekrarlayan gebelik kaybı, eskiden en az 3 gebelik kaybı şeklinde tanımlanırken, günümüzde 2 ya da daha fazla gebelik kaybı erken gebelik kaybı şeklinde tanımlanmaktadır. Toplumda iki gebelik kaybı sıklığı %3-5 iken, 3 ya da daha fazla gebelik kaybı sıklığı %0.5-1 civarındadır. Gebelik kayıplarının tekrarlama riskine bakıldığında: 1 düşük sonrası 2. gebelikte düşük riski %15 2 düşük sonrası 3. gebelikte düşük riski %25 3 düşük sonrası 4. gebelikte düşük riski %30-45 4 düşük sonrası 5. gebelikte düşük riski %55-60 Etyolojik faktörler arasında genetik, endokrinolojik, anatomik, immunolojik, mikrobiolojik, trombofilik sebepler ve %50 oranında açıklanmayan sebepler sayılabilir. Genetik sebepler arasında fetal kromozomal anomaliler ve parental genetik yapısal anomaliler yer alır. Yaşa bağımlı gebelik kayıplarının en önemli kısmını fetal kromozomal anomaliler oluşturur. Parental genetik anomaliler arasında ise özellikle dengeli translokasyonlar önem taşımaktadır. Trombofililer tromboza predispozisyon oluşturan hemostatik mekanizmalar olarak ifade edilmektedir. Gebeliğin kendisi normalde trombofilik bir süreçtir ve gebelikte aşağıdaki fizyolojik durumlar gerçekleşir: - Fibrinojen ve faktör V, VII, VIII, IX, X, XII ve Von Willebrand faktörü artar - Plazminojen artar - Doku plazminojen aktivatörü artar - Alfa-2 antiplazmin seviyesi artar - PAI-1 ve PAI-2 (plasental) artar - Trombin tarafından aktive edilebilen fibrinolizis inhibitör (TAFI) artar - Protein S düzeyi azalır - Aktive protein C rezistansı ortaya çıkar Trombofilik sebepler kalıtımsal ve kazanılmış şeklinde iki grup halinde incelenebilir: 1- Kalıtımsal trombofililer - Antitombin III eksikliği (FIIa, FIXa, Fxa, FXIa, FXIIa) - Protein C eksikliği (Fva, FVIIIa) - Protein S eksikliği (aktive protein C için kofaktör) - Hiperhomosistinemi/ MTHFR mutasyonu - Aktive Protein C resiztansı (FV Leiden mutasyonu) - Protrombin gen mutasyonu - Disfibrinojenemi/ hiperfibrinojenemi - Faktör VIII, IX ve XI fazlalığı - Faktör XII ve XIII eksikliği - Trombositozis ve trombositemi - Plazminojen aktivatör inhibitör (PAI) fazlalığı - ACE fazlalığı 2- Kazanılmış trombofililer: - Gebelik - Oral kontraseptif kullanımı/ Hormon replasman tedavisi - Kanser - Heparin tarafından indüklenen trombositopeni - Behçet hastalığı - İnflammatuvar barsak hastalığı - Antifosfolipid antikor sendromu Moleküler biyolojideki geleneksel metotlarda genellikle “bir deneyde bir gen” ilkesi geçerlidir. Bu demektir ki gen fonksiyonlarının “bütün resmini” görmek geleneksel yöntemlerle zordur. Gen-çip teknolojisinin büyük bir ilgi ile karşılanmasının sebebi , bütün genomun basit bir çip üzerinde görüntülenmesini vaat etmesi ve bu sayede bilim adamlarının aynı anda binlerce genin birbirleriyle olan etkileşimlerini görmesine olanak tanımasıdır. Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece, biyoteknolojinin kavramsal olarak ulaşabileceği son noktalardan biri olan gen-çip (mikroarray) ortaya çıkmıştır. Bir tarama yöntemi olarak önerilecek en değerli teknoloji, son yılların en gözde teknolojisi olan gen-çip (mikroarray ya da dizilim olarak da adlandırılır) teknolojisidir. Bu teknolojiyle bir hastanın bünyesine bulunan tüm genleri (insanda toplam gen sayısı otuz bindir) birkaç saat içinde taramak mümkündür. Mikroarrayler cam, plastik veya silikon çip gibi katı bir yüzeye tutturularak sıralı bir şekilde (array) oluşturulmuş mikroskobik DNA spotlarıdır. Bir mikroarray’de bu spotlardan onbinlerce bulunabilir. Yüzeye tutturulan bu DNA parçaları (genellikle 20-100 nükleotid uzunluğunda) prob olarak tanımlanmıştır. Bu yeni teknikte membran yerine camın kullanılması, radyoaktivitenin yerini fluoresan işaretlerin alması ve bağlanmayı sağlayacak yöntemlerin hassaslaşmasıyla çalışmaların verimi ve elde edilen bilgilerin miktarı artmıştır. Yeni yaklaşımlarda, dokusal yapının moleküler teşhisi ve bu amaçla uygulanan gen ekspresyon analizleri, gebelik kaybı tanısında artan bir önem değeri kazanmaktadır. Gebelik kaybı oluşumu ve tedavisinde yer alan farklı genetik profil sonuçları, dikkat çekmektedir. Bu teknoloji hastada o anda oluşan tüm gen anlatımının tam bir görüntüsünü elde etmeyi mümkün kılar. Belli bir hücre türünün belirli bir ortam için gen ifadesi profili belirlenip, bu profil farklı hücre tipleri ve farklı çevre koşullarındaki gen ifadesi profilleriyle bu yöntemle karşılaştırılabilir. Kısa sürede ve oldukça pratik olarak on binlerce genin analizini yapmak mümkündür. Otomasyona dayalı bir sistem olduğu için insan kaynaklı hataların ortaya çıkma ihtimali düşüktür. DNA mikroarray; bir lam üzerine binlerce gen dizisinin bağlanmasıyla oluşturulan gençip ile DNA değişimlerini (mutasyonlar) ve gen ekspresyonundaki (genden proteine geçiş-ifadesindeki) değişimleri melezlemeyle saptayan bir yöntem olarak geliştirilmiştir. Bu yöntem mutasyonların ve gen ekspresyonundaki değişimlerin hızlı ve etkin bir şekilde saptanmasına olanak sağlar. Array CGH; tüm kromozomdan, tek bir bantın ince bir parçasındaki artıştan veya azalmadan kaynaklanan genetik dengesizliği aynı anda birçok lokusu inceleyerek belirleyen bir yöntemdir. Array CGH yöntemi klasik karşılaştırmalı genomik melezleştirme yönteminin (CGH) avantajları ile ileri bir teknoloji olan mikroarray’in birleştirilmesi ile ortaya çıkmış çok avantajlı bir yöntemdir. Array CGH yönteminde gen ekspresyonu incelenmez. Genom boyunca DNA dizisindeki kopya sayısı değişimleri incelenir. Bu teknik, kazanım (duplikasyon, insersiyon veya amplifikasyon) veya net kayıp (materyalde delesyon) gibi kromozom anomalilerinin sınıflandırılmasına olanak sağlar. Farklı renklerde florokromların kullanılması genom boyunca DNA kopya sayısındaki değişimlere bağlı olarak ortaya çıkan kromozom anomalilerinin güvenilir şekilde tespiti ve sınıflandırılabilmesi bu yöntem ile mümkündür. Birden fazla genomun birbirileri ile karşılaştırılabilmelerine olanak sağlaması, az miktarlarda DNA örneğinin yeterli olması, metafaz plağı gerekli olmaması, yüksek kararlılık ve verim sağlaması, DNA üzerindeki tek baz değişikliklerinin bile saptanabilmesi bu yöntemin avantajları arasındadır. Kullanılacak olan Array-CGH (aCGH) teknolojisi ilk olarak 1997 yılında Solinas-Toldo ve ark. tarafından hedef dizinin cam matriks üzerine immobilize edilmesiyle ortaya çıkmıştır. Konvansiyonel CGH’in üzerine kurulmuş gibi görünse de duyarlılık alanı açısından çok daha ileri bir yöntemdir. Bu alandaki gelişmeleri, 1999 yılında Pollack ve ark. tarafından array platformu üzerine cDNA dizisinin immobilize edilmesi ve DNA’daki kopya sayısındaki değişmeleri genom düzeyinde ortaya çıkarmak izlemiştir. Böylece, farklı renklerdeki florokrom boyaların kullanılması ile DNA kopya sayısındaki değişimlere bağlı olarak ortaya çıkan kromozom anomalileri, genom boyunca güvenilir bir şekilde tespit edilebilecek ve sınıflandırılabilecektir. Metafaz plağı gerekli olmayacaktır. DNA üzerindeki tek baz değişiklikleri bile saptanabilecektir. Çalışmamızda; 35 yaş altı toplam 20 kadın hastanın periferik kan örneği kullanılacaktır. Bu hastalar anabilim dalı genetik laboratuarına rutin tanıda mutasyon analizi yapılması amacıyla sevkedilmiş hastalardır. Bu 20 hasta arasından mutasyon taşımayan fakat sitogenetik açıdan defektli görünen 35 yaş altı 10 kişilik hasta grubunda array-CGH yöntemi ile tam genom analizi gerçekleştirilecektir. Bu grup, 35 yaş altı 10 kişilik mutasyon taşımayan ve aynı zamanda sitogenetik açıdan da normal görünümlü hastalarla karşılaştırılacaktır. Sözkonusu çalışma bir insan DNA örneği çalışmasıdır. Hastalardan ve sağlıklı kontrollerden kan örnekleri alınacak ve çalışma bu kan örneklerinden izole edilen DNA materyali üzerinde gerçekleştirilecektir. Çalışmalarımız sonucunda yeni tanı ve tedavi belirteçlerine ulaşılması olasıdır. Bu olasılık nedeniyle tam genom analizlerinin güncel bilim açısından eşsiz bir önemi bulunmaktadır.
15) 2009/23 - Over Tümörlerinde Gen Ağı ve Standart Altyol Analizleri
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2009
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Prof. Dr. Aydın ÇORAKÇI
Özbilgi: Over kanseri tüm jinekolojik maligniteler arasında en sık ölüme neden olan tümördür ve 5 yıllık yaşam süresi %30 olarak bildirilmektedir. Over tümörlerinin büyük bir kısmı ( %90’dan fazla ) yüzey epitel hüclerinden gelişir ve çoğunlukla postmenopozal kadınlarda görülür. Epitelyal neoplaziler arasından seröz tümörler; benign, borderline ve malign tümörleri içermektedir. Bu tümörlerin çok sayıda onkogen ve tümör supressör genin neden olduğu değişiklikler sonucu geliştiği düşünülmektedir. Bu genetik mekanizmalar hakkında bilgiler oldukça kısıtlıdır. Tümör başlangıç ve gelişiminde birden fazla gen değişiminin etkisi bilinmektedir. Tümörlerde saptanan gen değişikliklerinin çoğu direkt veya dolaylı olarak hastalığın tedaviye verdiği cevap ve hastalığın seyri üzerine etkilere sahiptir ve bazıları prognostik belirteçler olarak da kullanılmaktadır. Son zamanlarda over kanseri ile ilgili yapılan çalışmalar; over tümörlerinin gelişiminde ve malign transformasyonunda ‘p53’ gibi tümör supressör genlerin inaktivasyonu ve ‘K-ras, c-myc, c-fms ve c-erb-B2’ gibi onkogenlerin aktivasyonu gibi genetik değişiklikleri ortaya çıkarmaktadır. Moleküler biyolojideki geleneksel metotlarda genellikle “bir deneyde bir gen” ilkesi geçerlidir. Bu demektir ki gen fonksiyonlarının “bütün resmini” görmek geleneksel yöntemlerle zordur. Gen çip teknolojisinin büyük bir ilgi ile karşılanmasının sebebi, bütün genomun basit bir çip üzerinde görüntülenmesini vaat etmesi ve bu sayede bilim adamlarının aynı anda binlerce genin birbirleriyle olan etkileşimlerini görmesine olanak tanımasıdır. Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece, biyoteknolojinin kavramsal olarak ulaşabileceği son noktalardan biri olan gen çip (mikroarray) ortaya çıkmıştır. Bir tarama yöntemi olarak önerilecek en değerli teknoloji, son yılların en gözde teknolojisi olan gen-çip (mikroarray ya da dizilim olarak da adlandırılır) teknolojisidir. Bu teknolojiyle bir hastanın bünyesine bulunan tüm genleri (insanda toplam gen sayısı otuzbindir) birkaç saat içinde taramak mümkündür Mikroarrayler cam, plastik veya silikon çip gibi katı bir yüzeye tutturularak sıralı bir şekilde (array) oluşturulmuş mikroskobik DNA spotlarıdır. Bir mikroarray’de bu spotlardan onbinlerce bulunabilir. Yüzeye tutturulan bu DNA parçaları (genellikle 20-100 nükleotid uzunluğunda ) prob olarak tanımlanmıştır. Bu yeni teknikte membran yerine camın kullanılması , radyoaktivitenin yerini fluoresan işaretlerin alması ve bağlanmayı sağlayacak yöntemlerin hassaslaşmasıyla çalışmaların verimi ve elde edilen bilgilerin miktarı artmıştır. Yeni yaklaşımlarda, dokusal yapının moleküler teşhisi ve bu amaçla uygulanan gen ekspresyon analizleri, over kanseri tanısında artan bir önem değeri kazanmaktadır. Over kanseri oluşumu ve tedavisinde yer alan farklı genetik profil sonuçları, dikkat çekmektedir. Bu teknoloji hastada o anda oluşan tüm gen anlatımının tam bir görüntüsünü elde etmeyi mümkün kılar. Belli bir hücre türünün belirli bir ortam için gen ifadesi profili belirlenip bu profil farklı hücre tipleri ve farklı çevre koşullarındaki gen ifadesi profilleriyle bu yöntemle karşılaştırılabilir. Kısa sürede ve oldukça pratik olarak onbinlerce genin analizini yapmak mümkündür. Otomasyona dayalı bir sistem olduğu için insan kaynaklı hataların ortaya çıkma ihtimali düşüktür. Çalışmamızda geç dönem metastatik over tümörlerinde tam genom analizi gerçekleştirilecektir. Elde edilen veriler özgün yazılımlarla gen ağı ve hücre içi altyolların seçilmesinde kullanılacaktır. Söz konusu çalışma bir insan RNA örneği çalışmasıdır. Operasyonla alınan örnekler soğuk zincirde korunarak iletilecek ve çalışma bu yumuşak dokularda gerçekleştirilecektir. Çalışmalarımız sonucunda yeni tanı ve tedavi belirteçlerine ulaşılması olasıdır. Bu olasılık nedeniyle tam genom analizlerinin güncel bilim açısından eşsiz bir önemi bulunmaktadır.
16) 2009/22 - Meme kanseri olgularının genomik analizi.
Süresi: 12 Ay » Başlangıç Tarihi: 2009
Destekleyen Kurum: KOÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi » Sorumlusu: Prof. Dr. Zafer CANTÜRK
Özbilgi: Meme kanseri uzak doğuda ve ülkemizde en yaygın habis tümörler arasında yer alır. Görülme sıklığı da her sene artmaktadır. Kadınlarda sık görülen ikinci kanser tipi olan serviks kanserine göre 16.3/100 000 görülme oranına sahiptir. Hastaların çoğunluğu 40 yaş üzeridir. Başarılı bir tedavi sonucu almada, lenfatik yayılım öncesi erken teşhis ve hızlı tedavi önemli faktörlerdendir. Meme kanseri, daha önceden kendisinde yada ailesinde meme kanseri teşhisi konulmuş 40 yaş üzeri kadınlarda daha sık görülmektedir. Meme kanseri riski taşıyanlara kendi kendine muayene ve mamografi önerilmektedir, fakat genetik analizlerle hem taşıyıcılık riskini saptamak hem de hastalığın kökenini araştırmak mümkündür. Ayrıca konvansiyonel yöntemlerin duyarlılık alanları patognomonik ve prognostik olarak da sınırlıdır. Moleküler biyolojideki geleneksel metotlarda genellikle “bir deneyde bir gen” ilkesi geçerlidir. Bu demektir ki gen fonksiyonlarının “bütün resmini” görmek geleneksel yöntemlerle zordur. Gen-çip teknolojisinin büyük bir ilgi ile karşılanmasının sebebi , bütün genomun basit bir çip üzerinde görüntülenmesini vaat etmesi ve bu sayede bilim adamlarının aynı anda binlerce genin birbirleriyle olan etkileşimlerini görmesine olanak tanımasıdır. Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece, biyoteknolojinin kavramsal olarak ulaşabileceği son noktalardan biri olan gen-çip (mikroarray) ortaya çıkmıştır. Bir tarama yöntemi olarak önerilecek en değerli teknoloji, son yılların en gözde teknolojisi olan gen-çip (mikroarray ya da dizilim olarak da adlandırılır) teknolojisidir. Bu teknolojiyle bir hastanın bünyesine bulunan tüm genleri (insanda toplam gen sayısı otuzbindir) birkaç saat içinde taramak mümkündür. Mikroarrayler cam, plastik veya silikon çip gibi katı bir yüzeye tutturularak sıralı bir şekilde (array) oluşturulmuş mikroskobik DNA spotlarıdır. Bir mikroarray’de bu spotlardan onbinlerce bulunabilir. Yüzeye tutturulan bu DNA parçaları (genellikle 20-100 nükleotid uzunluğunda ) prob olarak tanımlanmıştır. Bu yeni teknikte membran yerine camın kullanılması , radyoaktivitenin yerini fluoresan işaretlerin alması ve bağlanmayı sağlayacak yöntemlerin hassaslaşmasıyla çalışmaların verimi ve elde edilen bilgilerin miktarı artmıştır. Yeni yaklaşımlarda, dokusal yapının moleküler teşhisi ve bu amaçla uygulanan gen ekspresyon analizleri, meme kanseri tanısında artan bir önem değeri kazanmaktadır. Meme kanseri oluşumu ve tedavisinde yer alan farklı genetik profil sonuçları, dikkat çekmektedir. Bu teknoloji hastada o anda oluşan tüm gen anlatımının tam bir görüntüsünü elde etmeyi mümkün kılar. Belli bir hücre türünün belirli bir ortam için gen ifadesi profili belirlenip, bu profil farklı hücre tipleri ve farklı çevre koşullarındaki gen ifadesi profilleriyle bu yöntemle karşılaştırılabilir. Kısa sürede ve oldukça pratik olarak onbinlerce genin analizini yapmak mümkündür. Otomasyona dayalı bir sistem olduğu için insan kaynaklı hataların ortaya çıkma ihtimali düşüktür. Çalışmamızda meme kanseri nedeniyle cerrahi girişim uygulanan 30 hastalık kanserli doku örneği grubu ve malign meme patolojisi bulunmayan 30 hastalık normal doku örneği grubunda tam genom analizi gerçekleştirilecektir. Sözkonusu çalışma bir insan RNA örneği çalışmasıdır. Operasyonla alınan örnekler soğuk zincirde korunarak iletilecek ve çalışma bu yumuşak dokularda gerçekleştirilecektir. Çalışmalarımız sonucunda yeni tanı ve tedavi belirteçlerine ulaşılması olasıdır. Bu olasılık nedeniyle tam genom analizlerinin güncel bilim açısından eşsiz bir önemi bulunmaktadır.